Scavata nel tufo, è la chiesa rupestre più interessante  del territorio e si affaccia direttamente sulla Gravina; anticipata da una serie di grotte, che nel corso dei secoli avranno sicuramente svolto più funzioni, la chiesa vera e propria ha pianta quadrangolare a cinque navate, sorretta da 14 pilastri in pietra naturale. La chiesa conserva parti residue di affreschi (uno con un grande Cristo Pantocratore tra i santi Paolo e Michele) e tre altari con le tre statue in pietra e gesso, seicentesche e settecentesche, dei tre arcangeli, oltre una tomba medievale ad arcosolio. Nella grotta attigua, una serie di teschi e ossa che la leggenda vuole attribuire ai martiri dell’attacco saraceno del 999, ma più probabilmente appartengono a cadaveri traslati qui nel corso del XVII- XVIII sec..

Situata nell’antico rione Fondovico o Fondovito, l’8 Maggio di ogni anno è luogo delle celebrazione della Festa di San Michele delle Grotte a ricordo della leggendaria apparizione di San Michele in una grotta di Monte Sant’Angelo. In questa occasione gli abitanti del quartiere addobbano le vie con i cosiddetti “balloni”.